微生物实验室是以食品微生物应用基础理论为主，突出检测应用特色的开放实验室。实验室承担食品科学系各专业的实验实训课程，目前实验室开设实验实训项目主要有：显微镜的使用技术；高压蒸汽灭菌器的使用技术；厌氧培养箱的使用；电热恒温培养箱的使用；霉菌培养箱、水浴箱、电热恒温振荡培养箱、冰箱、生物安全柜的使用等；细菌标本片的制作及染色；酵母菌标本片的制作及染色；霉菌标本片的制作及染色；细菌特殊结构的染色及观察；细菌、酵母菌、霉菌的分离、移植和纯培养；各种培养基的制备；实验器材的准备及灭菌；细菌、酵母菌细胞计数；霉菌孢子的计数；微生物细胞大小的测定；食品中细菌菌落总数的测定；食品中大肠菌群数的测定；食品中常见中毒性微生物的检测（国标法）；全自动菌落计数仪及抑菌圈测定仪的使用技术；细菌鉴定药敏分析仪的使用技术；紫外分光光度计的使用技术；菌种的保藏技术等三十余项实验实训内容。通过以上实验实训的训练，使学生基本能够在实验室中对食品中和环境中的微生物进行检测，达到食品检验工中级工及高级工对食品微生物检验的要求。